使用本地IDE開發(fā)WDL流程應(yīng)用
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本文介紹了如何使用Visual Studio Code作為本地IDE，并安裝WDL插件，來進(jìn)行WDL流程的開發(fā)和測(cè)試，再發(fā)布到基因分析平臺(tái)中。
準(zhǔn)備本地開發(fā)環(huán)境
訪問Visual Studio Code官網(wǎng)，下載和安裝完成后，再按照WDL插件到VSCode中，即可進(jìn)行WDL流程的開發(fā)。
WDL流程開發(fā)測(cè)試
在上述環(huán)境下開發(fā)流程時(shí)，IDE提供了WDL語法高亮，語法檢查，Task定義和引用跳轉(zhuǎn)等實(shí)用功能，幫助用戶準(zhǔn)確高效的開發(fā)WDL流程。同時(shí)，支持配置可調(diào)用的Cromwell API地址，對(duì)開發(fā)的流程進(jìn)行本地調(diào)試。
上傳基因分析平臺(tái)
阿里云基因分析平臺(tái)兼容本地環(huán)境、HPC集群的runtime屬性，如cpu、memory、disks以及docker。在本地開發(fā)測(cè)試通過后，用戶無需修改，直接將WDL文件直接復(fù)制粘貼到工作空間下新建應(yīng)用中即可。
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